A colonização do núcleo que deu origem ao município de São José do Xingu deu-se a partir da fixação da nova fronteira agrícola brasileira, o Estado de Mato Grosso, na década de setenta. Os incentivos fiscais permitiram que novas áreas fossem povoadas, aumentando o contingente populacional estadual e criando novas unidades de colonização.
O núcleo original de povoamento surgiu na Fazenda Bang Bang, que tinha este nome em função dos inúmeros casos resolvidos à bala. Consta na história oral pelos mais antigos moradores que qualquer pendenga se resolvia em tiros. Lembrava os filmes de "bang-bang" - daí o nome que se deu ao lugar: Povoado do Bang Bang.
Com o passar dos tempos, a comunidade incorporou o nome do santo, ficando São José do Bang Bang. Não ficava bem o nome do orago ao lado de lembranças desagradáveis que a palavra "bang-bang" sugeria.
No início da década de noventa, optou-se pela alteração da denominação. Em 20 de dezembro de 1991, através da lei estadual nº 5.904, foi criado o município de São José do Xingu. 
A comunidade optou por deixar o nome do santo protetor no nome da localidade, São José, e acrescentar "do Xingu", em homenagem ao rio Xingu, que passa a 42 quilômetros da sede municipal e ao Parque Nacional do Xingu, que faz divisa com o município.

Formação Administrativa

Distrito criado com a denominação de São José do Xingu, pela lei estadual nº 4295, de 26-05-1981, subordinado ao município de Luciara.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1983, o distrito de São José do Xingu figura no município de Luciara.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1988.
Elevado à categoria de município com a denominação de São José do Xingu, pela lei estadual nº 5904, de 20-12-1991, desmembrado do município de Luciara e São Félix do Araguaia. Sede no antigo distrito de São José do Xingu (ex-povoado). Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1993.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2001.
Em divisão territorial datada de 2001, o município é constituído de 2 distritos: São José do Xingu e Santo Antônio do Fontoura.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.

Fonte: Confederação Nacional de Municípios