A colonização do núcleo que deu origem ao município de São José do Xingu deu-se a partir da fixação da nova fronteira agrícola brasileira, o Estado de Mato Grosso, na década de setenta. Os incentivos fiscais permitiram que novas áreas fossem povoadas, aumentando o contingente populacional estadual e criando novas unidades de colonização.
O núcleo original de povoamento surgiu na Fazenda Bang Bang, que tinha este nome em função dos inúmeros casos resolvidos à bala. Consta na história oral pelos mais antigos moradores que qualquer pendenga se resolvia em tiros. Lembrava os filmes de "bang-bang" - daí o nome que se deu ao lugar: Povoado do Bang Bang.
Com o passar dos tempos, a comunidade incorporou o nome do santo, ficando São José do Bang Bang. Não ficava bem o nome do orago ao lado de lembranças desagradáveis que a palavra "bang-bang" sugeria.
A comunidade optou por deixar o nome do santo protetor no nome da localidade "São José" e acrescentar "do Xingu", em homenagem ao Rio Xingu, que passa a 42 quilômetros da sede municipal e ao Parque Nacional do Xingu, que faz divisa com o município.
Formação Administrativa e Territorial Distrito criado com a denominação de São José do Xingu pela Lei Estadual nº 4.295 de 26 de maio de 1981 ocorrendo a sua administração politica, administrativa e financeira gerida pelo município de Luciara (MT).
Em 1983 ocorreu a divisão territorial do Distrito São José do Xingu do município de Luciara (MT), assim permanecendo em divisão territorial até 1988.
Elevado à categoria de município com a denominação de São José do Xingu (MT) pela Lei Estadual n.º 5.904 de 20 de dezembro de 1991, desmembrado do município de Luciara e São Félix do Araguaia e sua Sede administrativa, politica e financeira localizada no antigo Distrito São José do Xingu (ex-povoado).
Em 1993 foi constituído e intalado o distrito sede e sua divisão territorial em 1995, permanecendo essa divisão territorial até 2001.